中國海關總署宣布暫停臺灣地區菠蘿輸入大陸后，民進黨當局指責大陸方面政治打壓。對此，國臺辦發言人朱鳳蓮3月1日應詢表示，海關總署決定自2021年3月1日起暫停臺灣地區菠蘿輸入大陸，是正常的生物安全防范舉措，是完全合理、必要的。
　　
　　朱鳳蓮指出，海關依法對輸入農產品實施檢驗檢疫，是執行有關法律法規和標準的要求，也是防范植物疫情風險、保障人民權益的需要。民進黨當局卻刻意歪曲，把技術性問題惡意解讀，借機攻擊抹黑大陸。這充分暴露出他們的一貫做法，凡是涉及兩岸事務都要進行惡意操弄，說明他們既沒有意愿，也沒有能力解決實際問題，只能*污蔑大陸來回避自身的責任。
　　
　　她還表示，農產品安全問題同農業生產、生態安全、食品安全及人民權益息息相關，我們一貫高度重視，會繼續采取嚴格措施進行管控。
　　
　　海關總署2月26日宣布，為防范植物疫情風險，自3月1日起暫停臺灣菠蘿（鳳梨）輸入大陸。國臺辦發言人馬曉光同日應詢表示，此舉是正常的生物安全防范舉措，科學合理，符合大陸相關法律法規和標準。
　　
　　蔡辦發言人張惇涵2月26日聲稱，大陸此舉并非善意行為。蔡英文發文呼吁“挺農民，一起吃鳳梨”。臺“農委會主委”陳吉仲稱“無法接受”。
　　
　　臺外事部門負責人吳釗燮在推特上發文，稱大陸暫停臺灣菠蘿輸入是在“懲罰臺灣南部農民”。
　　
　　對于大陸暫停臺灣鳳梨輸入的原因，馬曉光2月26日曾強調，大陸海關多次從臺灣地區輸入大陸的菠蘿中截獲檢疫性有害生物。這些有害生物一旦傳入，將對大陸農業生產和生態安全造成嚴重威脅。為從源頭上防范植物疫情風險，海關總署做出了上述決定。
　　
　　臺灣“聯合新聞網”2月28日報道稱，在鳳梨停止輸入大陸后，臺灣高雄六龜區農會原本預計本周有一批蓮霧銷往中國大陸，但2月28日早接到電話，稱大陸貿易商要求暫停蓮霧輸入。
　　
　　報道指出，蓮霧是臺灣銷往大陸的五大水果之一，受疫情影響，高雄六龜出產的“蜜風鈴”蓮霧幾乎全數外銷大陸，年產值約10億元（新臺幣）。在菠蘿停止進口后，六龜區農會原本預計本周出口一批蓮霧去大陸，外銷人員說2月28日早上卻接獲電話，大陸貿易商要求暫停蓮霧進口。消息傳出，蓮霧農陷入焦慮，擔心蓮霧是下個被禁水果。
　　
　　六龜是高雄蓮霧最大產地，近400公頃，主要栽種蜜風鈴品種專攻外銷市場，全區近七成蓮霧外銷，六龜農會與民間貿易商運銷蓮霧，總數近10家。六龜農會指出，以往蓮霧外銷至中國大陸、加拿大、新加坡等地，蓮霧不耐儲運，爆發疫情后，空運成本大增，幾乎全銷往距離較近的大陸市場。
　　
　　高市議員朱信強稱，每年4月至10月是六龜蓮霧外銷旺季，六龜高達七成蓮霧銷往大陸，兩岸關系緊張導致農產品外銷受阻，蓮霧若不能銷往大陸，“可說是死路一條”。六龜農會總干事邱蘭英說，今年年初寒害導致蓮霧減產，目前蓮霧外銷數量十分少，但接下即將進入旺季，非常擔心蓮霧也被禁。